核心区域 ～3,000米级群山的山岳景观、原生态的自然环境、稀有动植物的栖息地～
在南阿尔卑斯山，3,000米级的群山连绵起伏，形成了雄浑的山岳景观，海底隆起形成的地形和地质，成为与日本列岛诞生息息相关的重要遗产。另外，丰富的降水量和复杂的气象条件形成了多样的生物群。这里既是以北岳草为首的高山植物的宝库，又是偃松群落和特别天然纪念物——雷鸟的世界南限栖息地。
高山植物
距今约2万年前是末次冰期的高峰，那时的日本年平均气温比现在低7～9摄氏度，且尚未与大陆分离。这一时期，一直生长在大陆寒冷气候中的植物纷纷南下到日本。后来，到了气温上升的后冰河期，这些植物再次为了寻找寒冷的气候而迁移，现在则孤立分布于高山顶等区域。南阿尔卑斯山是很多高山植物栖息地的南限。
