미나미 알프스의 지질은 시라네 산계와 아카이시 산계가 주로 중생대의 부가체로 구성되어 있는 한편, 가이코마/호오 산계는 화강암으로 되어 있습니다. 융기에 따른 산맥 형성은, 암석의 연령에 비하면 새로운 것으로서, 최근 100만년 정도에 걸친 급격한 지각 상승에 의한 것입니다. 이 산지의 내부에는 심해저를 구성하던 암석이 오랜 기간의 지각 변동을 받아 융기해 온 기록이 보입니다. 또한 현재도 계속 융기 활동이 이어지고 있으며, 온난하고 비가 많은 기후를 반영한 깊은 협곡과 풍부한 식생을 지닌 지형이 발달되어 있습니다.