春先に葉より先に大きな花をつけます。感じ方は人それぞれですが、清楚（せいそ）という言葉でよく形容されます。花は香りが強く、満開のモクレンの木の下に立つと、まるで香りが降ってくるようです。
暗紫色の花の他に、白い花もあり、これは「ハクモクレン」といって、花や葉の形が違います。