南阿尔卑斯山的地质，白根山系和赤石山系主要由中生代的增生楔形成，而甲斐驹、凤凰山系则由花岗岩构成。地壳隆起形成的山脉，晚于岩石的形成，可以判定是在距今约100万年内因地壳的剧烈上升而形成的。在山地内部，可以找到构成深海底的岩石因长时间受到地壳变动的影响而逐渐隆起的记录。另外，至今还在持续的隆起活动・反映温暖多雨气候的幽深峡谷及拥有丰富植被的地形仍在发达。